山本です。
> ("refile-guess-alist" . my-a-refile-alist))
>
> これで "a-mail" に設定した refile-guess-alist は利用できましたが、case
> を "b-mail" に切り替えても、"b-mail" に設定した refile-guess-alist を
> 利用できません（"a-mail" の refile-guess-alist を使っている）。
とりあえず、"." を削除してみてはいかがですか？
http://www.mew.org/release/info/mew_85.html.ja#SEC85
--かず